[R26BK01780950] 남조류 독소 분해 단백질 분석

===== 입찰공고문.hwpx =====
국립낙동강생물자원관 재공고 제2026-073호

남조류 독소 분해 단백질 분석 입찰 재공고

< 본 계약은 청렴계약(서약)제가 적용됩니다>

본 계약은「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」에 따른 청렴계약제가 적용됩니다. 입찰자는 반드시 입찰서 제출 시 아래의 청렴계약서에 관한 내용을 숙지․승낙하여야 하며, 동 내용을 위반 한 경우 발주기관의 조치에 대하여 어떠한 이의도 제기할 수 없습니다.

☞ 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」제5조의 2에 따라 본 입찰에 참여한 당사 대리인과 임직원은 입찰․낙찰, 계약체결 또는 계약이행 등의 과정(준공․납품 이후를 포함한다)에서 아래 각 호의 청렴계약 조건을 준수할 것이며, 이를 위반할 때에는 입찰․낙찰을 취소하거나 계약을 해제․해지하는 등의 불이익을 감수하고, 이에 민․형사상 이의를 제기하지 않을 것임을 약정합니다.
1. 금품․향응 등(친인척 등에 대한 부정한 취업 제공 포함)을 요구 또는 약속하거나 수수(授受)하지 않겠습니다.
2. 입찰가격의 사전 협의 또는 특정인의 낙찰을 위한 담합 등 공정한 경쟁을 방해하는 행위를 하지 않겠습니다.
3. 공정한 직무수행을 방해하는 알선․청탁을 통하여 입찰 또는 계약과 관련된 특정 정보의 제공을 요구하거나 받는 행위를 하지 않겠습니다.

본 입찰은 제한경쟁(총액) 기술가격동시 입찰이며, 청렴계약이행 서약제 대상입니다.
본 입찰의 가격입찰은 전자입찰로만 가능하며, 가격입찰서를 제출한 입찰자만 규격평가 서류를 제출할 수 있습니다.
가격개찰은 규격평가 완료 후 진행되며, 따라서 개찰일시는 평가 일정에 따라 변경될 수 있습니다.
공고문에 언급되지 아니한 사항은 입찰 공고일 현재 가장 최근에 개정된 국가계약법, 재정경제부 계약예규, 조달청 고시 등 관련 법령 및 규정을 우선 적용합니다.
기타 세부사항은 전자입찰 공고서에 첨부된 과업내용서를 반드시 숙지하신 후 입찰에 참여하시기 바랍니다.
이 입찰에 참가하는 자는 공고서 및 각종 규정, 과업내용서 등을 반드시 열람하고 숙지하여야 하며, 숙지하지 못함에 따라 발생하는 모든 책임은 입찰자에게 있음을 알려드립니다.

☞ 입찰 참가 자격 등록, 나라장터 시스템 사용: 정부조달 콜센터(☎ 1588-0800)
☞ 사업내용, 규격서(기술) 평가 등: 원핵생물연구부 전임연구원(☎ 054-530-0843)
☞ 입찰공고, 개찰, 계약 등: 재무회계부 과장(☎ 054-530-0742)

1. 입찰에 부치는 사항

공고명
남조류 독소 분해 단백질 분석(재공고)
수요기관
국립낙동강생물자원관(경북 상주시 도남2길 137 연구관리동)
입찰서 등록
2026. 10. 20.(화) 15:00
입찰서 마감
2026. 10. 27.(화) 15:00
서류 제출
2026. 10. 20.(화) 15:00 ~ 2026. 10. 27.(화) 15:00까지(온라인 제출)
개찰일시
2026. 10. 27.(화) 16:00이후(평가 후 개찰)
소요예산
금39,200,000원(금삼천구백이십만원정, 부가세 포함)
과업내용
원핵생물(세균) 유래 남조류 독소 분해 단백질(효소) 규명을 위한 단백체 및 전사체 분석(과업내용서 참고)
과업기간
계약체결일로부터 2026. 11. 30.
입찰방식
제한경쟁, 2단계 입찰(기술가격동시)/전자입찰

2. 입찰 및 계약에 관한 사항

가. 국가종합전자조달시스템을 이용한 전자입찰 방식에 의한 제출방식으로 총액, 기술·가격 동시입찰(기술평가 합격한 자에 한하여 가격개찰)입니다.
나. 가격입찰은 전자입찰로만 가능하며, 예정가격 작성은 복수예정가격으로 작성하여야 합니다.
다. 기초금액 및 입찰금액은 부가가치세를 포함한 가격입니다. 면세사업자(영세율을 적용받는 사업자)는 반드시 부가가치세를 포함한 가격으로 투찰하여야 하며, 최종 계약 시에는 부가가치세를 제외한 금액으로 계약을 체결합니다.
라. 입찰에 참여하는 업체는 전자조달시스템(나라장터)을 통한 가격투찰(지문투찰)로 진행하여야 하며, 기술평가서류 및 입찰에 필요한 서류들을 제출마감 기한까지 온라인으로 제출하여야 하며, 가격투찰 및 입찰 ․ 평가서류 중 어느 하나라도 미제출 시에는 입찰이 무효 처리됩니다.
마. 평가는‘기술적격 평가 기준표’기준으로 하며 모든 항목 적격자에 한하여 합격 처리 됩니다.(기술 적격 평가표 및 과업내용서 참조)

기술평가: 전문인력 및 관련장비 보유현황 증빙자료 제출

마. 기술평가 서류 제출 후 우리 기관의 판정에 대하여 이의를 제기할 수 없습니다.
바. 한번 제출한 전자입찰서는 취소하거나 수정할 수 없습니다. 단, 조달청 전자입찰유의서의 제8조에 따라 입찰의 취소를 신청한 경우 입찰집행관은 입찰서를 무효처리할 수 있으며, 이 경우 취소의사를 표시한 입찰자는 당해 입찰에 대하여 재입찰을 할 수 없습니다.

3. 입찰 참가자격

가.｢국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행령｣제12조(경쟁입찰의참가자격) 규정에 의한 유자격자이며, 동법 제76조(부정당업자의 입찰참가자격 제한)에 결격사유가 없는 사업자로 아래의 자격을 모두 갖춘 자이어야 합니다.

국가종합전자조달시스템 입찰참가자격등록규정에 따라 반드시 전자입찰서 제출마감일 전일까지 학술연구용역(업종코드: 1169) 또는 유전자검사기관(업종코드: 5331)으로 입찰참가자격을 등록한 사업자

｢중소기업기본법｣제2조에 따른 소기업자 및 ｢소상공인 보호 및 지원에 관한 법률｣ 제2조에 따른 소상공인으로서 ‘중소기업 범위 및 확인에 관한 규정’에 따라 발급된 소기업 또는 소상공인 확인서를 소지한 자만 입찰 참여가 가능

나. 미자격자가 고의로 입찰에 참가 또는 무효의 입찰을 한 자,<hp:fwSpace/><hp:fwSpace/>입찰에 관한 서류를 부정<hp:fwSpace/>하게 행사한 자에 해당한다고 판단될 경우 관계규정에 따라 부정당업자로 제재할<hp:fwSpace/>수 있습니다.
다. 본 입찰은 나라장터를 이용한 전자입찰로 집행하므로 나라장터에 전자입찰이용자 등록을 한 자만 입찰에 참여할 수 있으며 전자입찰 미등록 업체는 나라장터 조달업체 이용약관에 동의하여 입찰전 일까지 나라장터에서 정한 방법에 따라 지정공인인증기관의 인증서를 교부받은 후 본 시스템에 이용자등록을 하여야 합니다.
라. 본 입찰은 공동도급은 가능하나 하도급은 허용하지 않습니다.

최대 2개 업체 공동수급이 가능하며, 업체별 계약 참여 최소 지분율은 30% 이상으로 하여야 함

4. 제출서류 가. 기술 평가 필수 제출서류(정성)

1) 기술평가 신청서 1부 [별지 제1호 서식]

2) 장비 보유현황 1부 [별지 제2호 서식]
나. 기술 평가 필수 제출서류(정량)

1) 전문인력 자제 보유 현황(관련분야 경력·재직증명서 등)

2) 장비 보유 증빙자료 1부

3) 분석 계약서 등 수행능력 증빙자료(기술적격평가표 세부평가항목 참고)
다. 입찰참가자격 확인서류(기타서류)

1) 입찰참가신청서 및 서약서 1부(전자입찰서 대체)

2) 법인등기부등본 및 법인인감증명서 1부(개인사업자의 경우 개인인감증명서)

※ 사용인감을 날인할 경우 사용인감계 추가 제출 필요

3) 입찰보증금(전자입찰 지급각서로 대체) 4) 사업자등록증 사본 1부. 5) 경쟁입찰참가자격등록증(조달청) 각 1부 6) 소기업, 소상공인 확인서 1부.

라. 서류 제출 및 접수
① 제출 기간 : 전자입찰서 제출기간과 동일함

가격입찰서와 제안서 중 어느 하나라도 제출하지 않은 경우에는 무효입찰 처리됩니다. 따라서 입찰자는 가격입찰서와 제안서가 이상 없이 제출되었음을 확인하시기 바랍니다.

(필독) 제안서 최종제출 이후 가격입찰서 제출이 가능하며, 제안서는 가급적 입찰마감일 전일까지 제출하여 주시기 바랍니다.

② 제출 장소 : 조달청 나라장터를 통하여 전자적으로 제출

제안서 제출 후 가격입찰서 제출 가능, 입찰서 정상제출 여부는 입찰 -> 입찰진행 -> “나의투찰내역”(가격입찰서)과 “제안서/공모안 제출내역”(제안서) 메뉴에서 확인하실 수 있습니다.

③ 국가종합전자조달시스템(나라장터)을 통해 제출하는 제안서류 일체는 PDF 파일 형식으로 제출하여야 하며, 총 용량은 300MB를 초과할 수 없습니다.

④ 제출서류: 기술평가 신청서 등 (정성), 인력, 장비보유 증빙자료(정량), 입찰참가서류(기타) 등

제안서는 “조달업체 매뉴얼”을 참고하여 온라인으로 제출하여 주시기 바라며, 이에 대한 자세한 사항은 국가종합전자조달시스템 콜센터(1588-0800)로 문의하시기 바랍니다.

입찰 ->입찰진행/참가 화면의 투찰버튼 클릭 후 “입찰서류제출현황” 팝업의 “제안서제출바로가기” 링크버튼을 통해 파일 첨부 후 제출

ㆍ 파일첨부 영역에서 파일추가 버튼을 통해 해당 파일 선택 후 문서구분을 지정하여 처리

ㆍ 제안서필수제출문서(파일첨부영역 상단에 제공) 중 1개라도 첨부되지 않을 경우 임시저장, 최종제출 불가

⑤ 기타 유의사항

국가종합전자조달시스템(나라장터)을 통해 제출한 제안서는 임시저장 시점에서 해당 파일이 암호화되므로 다운로드 및 확인이 불가능 합니다. 단, 최종제출 전(작성 중 또는 임시저장 상태)에는 첨부파일을 교체하여 재등록할 수 있습니다.

입찰자는 제안서 파일 업로드(파일 추가) 전에 파일의 정상여부를 반드시 확인하여 주시기 바라며, 파일의 정상여부 미확인으로 발생되는 모든 책임은 입찰참가자에게 있습니다.

5. 낙찰자 결정방법
가. 기술평가 적격자 중 예정가격 이하 최저가 입찰한 자를 낙찰자로 선정합니다.

예정가격결정: 기초금액을 기준으로 ±2% 범위 내에서 작성된 15개의 복수예비가격 중 입찰에 참여하는 각 업체가 추첨(2개씩 선택)한 번호 중 가장 많이 선택된 4개의 예비가격을 산술평균 한 금액으로 결정됨

동일가격 2인 이상인 경우에는 규격 또는 기술 우위 자를 낙찰자로 결정함

※ 규격 또는 기술 우위를 판정하기 어려운 경우, 전자입찰특별유의서 제15조에 의거, 전자조달시스템을 통해 자동으로 추첨
나. 계약상대자로 선정된 자라도 계약체결 시 결격사유로 인하여 계약이 이루어지지 않을 때에는 차순위자 순으로 결격 여부를 심사하여 계약을 체결합니다.
다. 낙찰자는 계약 시 산출내역서를 제출해야 합니다.

6. 입찰보증금 및 국고귀속에 관한 사항
가. 입찰자가 아래에 해당하는 경우에는 입찰금액의 100분의 5이상의 입찰보증금을 납부 하여야 합니다.

① 신용정보 관리규약에 의한 채무불이행 또는 금융질서 문란자

② 입찰공고일 이전 1년 이내에「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행령」 제76조제2항제2호가목의 사유로 입찰참가자격 제한을 받은 자(입찰참가자격 제한 기간 중인 경우를 포함한다.)

③ 상기‘①’내지‘②’에서 규정한 입찰보증금은 반드시 입찰일 전일(공휴일인 경우 그 전일) 18:00까지 이행보증증권을 제출하여야 합니다.
나. (납부면제) 위 사항을 제외하고는 본 입찰에서 입찰보증금의 납부는 면제하되, 입찰보증금 지급각서를 제출하여야 합니다.
다. (입찰보증금 지급각서 제출방법) 전자입찰(나라장터) 시 정해진 서식에 따라 송신한 입찰서로 갈음합니다. (별도 서류제출 필요 없음)
라. (국고귀속 등) 낙찰자가 정해진 기일 내에 계약을 체결하지 아니한 경우, 입찰보증금은 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행령」제38조에 의해 국고에 귀속되며, 부정당업자 제재를 받게 됩니다.

7. 입찰 무효에 관한 사항
가. 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행령」제39조, 동법 시행규칙 제44조 및‘(계약예규) 용역계약 입찰유의서’제12조에 해당되는 입찰은 무효입니다.
나. 입찰참가자격의 판단기준일은 입찰참가자격등록 마감일(기준일이 정해져 있는 경우에는 해당일)이며 마감일(일시가 정해져 있는 경우에는 해당일시)까지 참가자격을 갖추지 않은 경우 무효입찰임을 알려드리오니 주의하시기 바랍니다.
다. 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행규칙」 제44조 및“ (계약예규) 용역계약 입찰유의서”제12조에 정한 입찰 무효 해당 여부 확인을 위하여 등록 정보 확인을 위한 서류(법인등기부등본, 사업자등록증, 입찰대리인임을 확인할 수 있는 서류, 관련되는 면허 등을 증명하는 서류 등)를 요청하는 경우, 낙찰대상자는 관계서류를 제출하여야 합니다.

8. 청렴계약제 이행

가. 본 입찰에 참여한 모든 업체는 청렴이행각서, 청렴계약입찰유의서, 청렴계약특수조건 및 인권보호 이행서약서, 직무권한 등을 행사한 부정행위 신고 안내 확인서를 열람 및 제출한 것으로 간주합니다.

9. 기타 입찰에 필요한 사항
가. 제출된 서류는 반환 요청 시 입찰마감일부터 14일 이내 일체 반환하며, 본 제안과 관련된 일체의 소요 비용은 입찰참가자가 부담하여야 합니다.
나. 입찰에 참가하고자 하는 자는 입찰에 필요한 모든 사항을 입찰 전에 숙지하고 참가하여야 하며, 숙지하지 못하여 발생하는 책임은 입찰자에게 있습니다.

조달청 전자입찰시스템 이용약관, 국가종합전자조달시스템 전자입찰특별유의서

(계약예규) 정부입찰ㆍ계약 집행기준, 용역계약 입찰유의서, 용역계약 일반조건

다. 과업 내용 착오 또는 규정의 미숙지 등으로 입찰자가 계약을 체결하지 않거나, 계약을 체결하고 불이행하는 경우 관계법령에 의거 부정당업자로 제재되어 일정기간 입찰 참여가 제한되는 등 불이익을 받으실 수 있으므로 본 입찰공고서의 규격서 및 계약 관련 규정을 철저히 숙지하신 후 입찰에 참가하여야 합니다.
라. 본 입찰은 전자입찰로서 입찰참가신청 및 입찰서의 제출은 조달청 나라장터의 전자입찰시스템을 이용하여 제출하며 별도의 입찰참가신청을 하지 않아도 됩니다.(국가종합전자조달 홈페이지(http://www.g2b.go.kr)
마. 입찰서 제출 확인은 나라장터 전자입찰시스템 웹 송신함에서 확인해야 합니다.
바. 입찰참가희망 업체가 전산장비 준비 부족 등의 사유로 전자입찰 등록 및 투찰이 어려운 경우에는 입찰 마감 24시간 이전에 조달청으로 장애 해결을 위해 문의하기 바라며, 장애 발생 시에 정부조달콜센터로 문의하지 않아 발생한 모든 책임은 입찰참가자에게 있습니다(정부조달콜센터(1588-0800).
사. 입찰에 참가 하고자 하는 자는 반드시 입찰등록사항과 법인등기부등본(법인) 및 사업자등록증(개인)상 대표자(대표자가 다수인 경우 전부), 주소, 상호 등이 일치하는지 확인하고 입찰에 참여 하기 바랍니다.

위와 같이 공고합니다.

2026년 10월 20일
국립낙동강생물자원관
[별지 제1호 서식]

기술평가 신청서

공고번호 :
입찰건명 :
회 사 명 :
회사전화 : (

) - (
) - (
)

FAX : (
) - (
) - (
)

담 당 자 :

(인),
H.P:
-
-
.

첨부서류 : ① 용역실적사항 ② 견적서 ③ 증빙자료(실적증명서, 분석 계약서 등)

위와 같이 기술평가를 신청합니다.

신청일: 2026년
월
일

회 사 명 :
대 표 자 :
(인)

------------------------------------------------------------------------------------------
기술평가 결과
기술평가자
소
속 : 국립낙동강생물자원관
성
명 :
(인)
기술평가 의견
(구체적 기술)

최 종 판 정 :
합 격(
), 불합격(
)

※ 이하 세부적인 자료는 별첨함
[별지 제2호 서식]
보 유 장 비 목 록
연번
장비명
제조국
모델명
소유대수
1

2 3 4

주) 1. 장비명은 전문장비 보유현황의 세부평가 항목상의 장비명으로 기재

===== 입찰공고문.pdf =====
국립낙동강생물자원관 재공고 제2026-073호

남조류 독소 분해 단백질 분석 입찰 재공고
<

본 계약은 청렴계약(서약)제가 적용됩니다>

본 계약은「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」에 따른 청렴계약제가 적용됩니다.
입찰자는 반드시 입찰서 제출 시 아래의 청렴계약서에 관한 내용을 숙지․승낙하여야 하며,
동 내용을 위반 한 경우 발주기관의 조치에 대하여 어떠한 이의도 제기할 수 없습니다.

☞ 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」제5조의 2에 따라 본 입찰에 참여한 당사

대리인과 임직원은 입찰․낙찰, 계약체결 또는 계약이행 등의 과정(준공․납품 이후를
포함한다)에서 아래 각 호의 청렴계약 조건을 준수할 것이며, 이를 위반할 때에는
입찰․낙찰을 취소하거나 계약을 해제․해지하는 등의 불이익을 감수하고, 이에
민․형사상 이의를 제기하지 않을 것임을 약정합니다.

1. 금품․향응 등(친인척 등에 대한 부정한 취업 제공 포함)을 요구 또는 약속하거나
수수(授受)하지 않겠습니다.
2. 입찰가격의 사전 협의 또는 특정인의 낙찰을 위한 담합 등 공정한 경쟁을 방해하는
행위를 하지 않겠습니다.
3. 공정한 직무수행을 방해하는 알선․청탁을 통하여 입찰 또는 계약과 관련된 특정
정보의 제공을 요구하거나 받는 행위를 하지 않겠습니다.

본 입찰은 제한경쟁(총액) 기술가격동시 입찰이며, 청렴계약이행 서약제 대상입니다.
본 입찰의 가격입찰은 전자입찰로만 가능하며, 가격입찰서를 제출한 입찰자만 규격평가

서류를 제출할 수 있습니다.

가격개찰은 규격평가 완료 후 진행되며, 따라서 개찰일시는 평가 일정에 따라 변경될 수

있습니다.

공고문에 언급되지 아니한 사항은 입찰 공고일 현재 가장 최근에 개정된 국가계약법, 재정경

제부 계약예규, 조달청 고시 등 관련 법령 및 규정을 우선 적용합니다.

기타 세부사항은 전자입찰 공고서에 첨부된 과업내용서를 반드시 숙지하신 후 입찰에

참여하시기 바랍니다.

이 입찰에 참가하는 자는 공고서 및 각종 규정, 과업내용서 등을 반드시 열람하고 숙지하여야

하며, 숙지하지 못함에 따라 발생하는 모든 책임은 입찰자에게 있음을 알려드립니다.

1. 입찰에 부치는 사항
공고명
수요기관

남조류 독소 분해 단백질 분석(재공고)
국립낙동강생물자원관(경북 상주시 도남2길 137 연구관리동)

입찰서 등록 2026. 10. 20.(화) 15:00
입찰서 마감 2026. 10. 27.(화) 15:00
서류 제출 2026. 10. 20.(화) 15:00 ~ 2026. 10. 27.(화) 15:00까지(온라인 제출)
개찰일시 2026. 10. 27.(화) 16:00이후(평가 후 개찰)
소요예산
과업내용
과업기간
입찰방식

금39,200,000원(금삼천구백이십만원정, 부가세 포함)
원핵생물(세균) 유래 남조류 독소 분해 단백질(효소) 규명을 위한 단백
체 및 전사체 분석(과업내용서 참고)
계약체결일로부터 2026. 11. 30.
제한경쟁, 2단계 입찰(기술가격동시)/전자입찰

2. 입찰 및 계약에 관한 사항
가. 국가종합전자조달시스템을 이용한 전자입찰 방식에 의한 제출방식으로 총액,
기술·가격 동시입찰(기술평가 합격한 자에 한하여 가격개찰)입니다.
나. 가격입찰은 전자입찰로만 가능하며, 예정가격 작성은 복수예정가격으로 작성
하여야 합니다.
다. 기초금액 및 입찰금액은 부가가치세를 포함한 가격입니다. 면세사업자(영세율을
적용받는 사업자)는 반드시 부가가치세를 포함한 가격으로 투찰하여야 하며,
최종 계약 시에는 부가가치세를 제외한 금액으로 계약을 체결합니다.
라. 입찰에 참여하는 업체는 전자조달시스템(나라장터)을 통한 가격투찰(지문투찰)로
진행하여야 하며, 기술평가서류 및 입찰에 필요한 서류들을 제출마감 기한까지
온라인으로 제출하여야 하며, 가격투찰 및 입찰 ․ 평가서류 중 어느 하나라도
미제출 시에는 입찰이 무효 처리됩니다.
마. 평가는‘기술적격 평가 기준표’기준으로 하며 모든 항목 적격자에 한하여 합격
처리 됩니다.(기술 적격 평가표 및 과업내용서 참조)

기술평가: 전문인력 및 관련장비 보유현황 증빙자료 제출

마. 기술평가 서류 제출 후 우리 기관의 판정에 대하여 이의를 제기할 수 없습니다.
바. 한번 제출한 전자입찰서는 취소하거나 수정할 수 없습니다. 단, 조달청 전자
입찰유의서의 제8조에 따라 입찰의 취소를 신청한 경우 입찰집행관은 입
찰서를 무효처리할 수 있으며, 이 경우 취소의사를 표시한 입찰자는 당해
입찰에 대하여 재입찰을 할 수 없습니다.

3. 입찰 참가자격
가.｢국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행령｣제12조(경쟁입찰의참가자격)
규정에 의한 유자격자이며, 동법 제76조(부정당업자의 입찰참가자격 제한)에
결격사유가 없는 사업자로 아래의 자격을 모두 갖춘 자이어야 합니다.

국가종합전자조달시스템 입찰참가자격등록규정에 따라 반드시 전자입찰서

제출마감일 전일까지 학술연구용역(업종코드: 1169) 또는 유전자검사기관(업
종코드: 5331)으로 입찰참가자격을 등록한 사업자

｢중소기업기본법｣제2조에 따른 소기업자 및 ｢소상공인 보호 및 지원에 관한 법률｣

제2조에 따른 소상공인으로서 ‘중소기업 범위 및 확인에 관한 규정’에
따라 발급된 소기업 또는 소상공인 확인서를 소지한 자만 입찰 참여가 가능
나. 미자격자가 고의로 입찰에 참가 또는 무효의 입찰을 한 자, 입찰에 관한 서류를
부정하게 행사한 자에 해당한다고 판단될 경우 관계규정에 따라 부정당업자로
제재할 수 있습니다.
다. 본 입찰은 나라장터를 이용한 전자입찰로 집행하므로 나라장터에 전자입찰
이용자 등록을 한 자만 입찰에 참여할 수 있으며 전자입찰 미등록 업체는
나라장터 조달업체 이용약관에 동의하여 입찰전 일까지 나라장터에서 정한
방법에 따라 지정공인인증기관의 인증서를 교부받은 후 본 시스템에 이용자
등록을 하여야 합니다.
라. 본 입찰은 공동도급은 가능하나 하도급은 허용하지 않습니다.

최대 2개 업체 공동수급이 가능하며, 업체별 계약 참여 최소 지분율은 30% 이

상으로 하여야 함

4. 제출서류
가. 기술 평가 필수 제출서류(정성)
1) 기술평가 신청서 1부 [별지 제1호 서식]
2) 장비 보유현황 1부 [별지 제2호 서식]
나. 기술 평가 필수 제출서류(정량)
1) 전문인력 자제 보유 현황(관련분야 경력·재직증명서 등)
2) 장비 보유 증빙자료 1부
3) 분석 계약서 등 수행능력 증빙자료(기술적격평가표 세부평가항목 참고)

다. 입찰참가자격 확인서류(기타서류)
1) 입찰참가신청서 및 서약서 1부(전자입찰서 대체)
2) 법인등기부등본 및 법인인감증명서 1부(개인사업자의 경우 개인인감증명서)
※ 사용인감을 날인할 경우 사용인감계 추가 제출 필요

3) 입찰보증금(전자입찰 지급각서로 대체)
4) 사업자등록증 사본 1부.
5) 경쟁입찰참가자격등록증(조달청) 각 1부
6) 소기업, 소상공인 확인서 1부.
라. 서류 제출 및 접수
① 제출 기간 : 전자입찰서 제출기간과 동일함

가격입찰서와 제안서 중 어느 하나라도 제출하지 않은 경우에는 무효입찰 처리됩니다. 따라서 입찰자

는 가격입찰서와 제안서가 이상 없이 제출되었음을 확인하시기 바랍니다.

(필독) 제안서 최종제출 이후 가격입찰서 제출이 가능하며, 제안서는 가급적 입찰마감일 전

일까지 제출하여 주시기 바랍니다.
② 제출 장소 : 조달청 나라장터를 통하여 전자적으로 제출

제안서 제출 후 가격입찰서 제출 가능, 입찰서 정상제출 여부는 입찰 -> 입찰진행 -> “나의투찰내역”

(가격입찰서)과 “제안서/공모안 제출내역”(제안서) 메뉴에서 확인하실 수 있습니다.
③ 국가종합전자조달시스템(나라장터)을 통해 제출하는 제안서류 일체는 PDF 파일 형식으로 제출
하여야 하며, 총 용량은 300MB를 초과할 수 없습니다.
④ 제출서류: 기술평가 신청서 등 (정성), 인력, 장비보유 증빙자료(정량), 입찰참가서류(기타) 등

제안서는 “조달업체 매뉴얼”을 참고하여 온라인으로 제출하여 주시기 바라며, 이에 대한 자세

한 사항은 국가종합전자조달시스템 콜센터(1588-0800)로 문의하시기 바랍니다.

입찰 ->입찰진행/참가 화면의 투찰버튼 클릭 후 “입찰서류제출현황” 팝업의 “제안서제출바로가기”

링크버튼을 통해 파일 첨부 후 제출
ㆍ 파일첨부 영역에서 파일추가 버튼을 통해 해당 파일 선택 후 문서구분을 지정하여 처리
ㆍ 제안서필수제출문서(파일첨부영역 상단에 제공) 중 1개라도 첨부되지 않을 경우 임시저장, 최종제출 불가
⑤ 기타 유의사항

국가종합전자조달시스템(나라장터)을 통해 제출한 제안서는 임시저장 시점에서 해당 파일이 암호화

되므로 다운로드 및 확인이 불가능 합니다. 단, 최종제출 전(작성 중 또는 임시저장 상태)에는
첨부파일을 교체하여 재등록할 수 있습니다.

입찰자는 제안서 파일 업로드(파일 추가) 전에 파일의 정상여부를 반드시 확인하여 주시기 바

라며, 파일의 정상여부 미확인으로 발생되는 모든 책임은 입찰참가자에게 있습니다.

5. 낙찰자 결정방법
가. 기술평가 적격자 중 예정가격 이하 최저가 입찰한 자를 낙찰자로 선정합니다.

예정가격결정: 기초금액을 기준으로 ±2% 범위 내에서 작성된 15개의 복수예비

가격 중 입찰에 참여하는 각 업체가 추첨(2개씩 선택)한 번호 중 가장 많이
선택된 4개의 예비가격을 산술평균 한 금액으로 결정됨

동일가격 2인 이상인 경우에는 규격 또는 기술 우위 자를 낙찰자로 결정함

※ 규격 또는 기술 우위를 판정하기 어려운 경우, 전자입찰특별유의서 제15조에 의거, 전자조달
시스템을 통해 자동으로 추첨

나. 계약상대자로 선정된 자라도 계약체결 시 결격사유로 인하여 계약이 이루어
지지 않을 때에는 차순위자 순으로 결격 여부를 심사하여 계약을 체결합니다.
다. 낙찰자는 계약 시 산출내역서를 제출해야 합니다.

6. 입찰보증금 및 국고귀속에 관한 사항
가. 입찰자가 아래에 해당하는 경우에는 입찰금액의 100분의 5이상의 입찰보
증금을 납부 하여야 합니다.
① 신용정보 관리규약에 의한 채무불이행 또는 금융질서 문란자

「」

② 입찰공고일 이전 1년 이내에 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행령

제76조제2항제2호가목의 사유로 입찰참가자격 제한을 받은 자(입찰참가자격
제한 기간 중인 경우를 포함한다.)
③ 상기‘①’내지‘②’에서 규정한 입찰보증금은 반드시 입찰일 전일(공휴일인
경우 그 전일) 18:00까지 이행보증증권을 제출하여야 합니다.
나. (납부면제) 위 사항을 제외하고는 본 입찰에서 입찰보증금의 납부는 면제하되,
입찰보증금 지급각서를 제출하여야 합니다.
다. (입찰보증금 지급각서 제출방법) 전자입찰(나라장터) 시 정해진 서식에 따라
송신한 입찰서로 갈음합니다. (별도 서류제출 필요 없음)
라. (국고귀속 등) 낙찰자가 정해진 기일 내에 계약을 체결하지 아니한 경우, 입찰
보증금은

「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행령」제38조에 의해

국고에 귀속되며, 부정당업자 제재를 받게 됩니다.

7. 입찰 무효에 관한 사항
가.

「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행령」제39조, 동법 시행규칙
제44조 및‘(계약예규) 용역계약 입찰유의서’제12조에 해당되는 입찰은 무효입니다.

나. 입찰참가자격의 판단기준일은 입찰참가자격등록 마감일(기준일이 정해져
있는 경우에는 해당일)이며 마감일(일시가 정해져 있는 경우에는 해당일시)
까지 참가자격을 갖추지 않은 경우 무효입찰임을 알려드리오니 주의하시기
바랍니다.
다.

「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행규칙」 제44조 및“ (계약예규)
용역계약 입찰유의서”제12조에 정한 입찰 무효 해당 여부 확인을 위하여 등록
정보 확인을 위한 서류(법인등기부등본, 사업자등록증, 입찰대리인임을 확인
할 수 있는 서류, 관련되는 면허 등을 증명하는 서류 등)를 요청하는 경우,
낙찰대상자는 관계서류를 제출하여야 합니다.

8. 청렴계약제 이행
가. 본 입찰에 참여한 모든 업체는 청렴이행각서, 청렴계약입찰유의서, 청렴계약
특수조건 및 인권보호 이행서약서, 직무권한 등을 행사한 부정행위 신고 안내
확인서를 열람 및 제출한 것으로 간주합니다.

9. 기타 입찰에 필요한 사항
가. 제출된 서류는 반환 요청 시 입찰마감일부터 14일 이내 일체 반환하며,
본 제안과 관련된 일체의 소요 비용은 입찰참가자가 부담하여야 합니다.
나. 입찰에 참가하고자 하는 자는 입찰에 필요한 모든 사항을 입찰 전에 숙지하고
참가하여야 하며, 숙지하지 못하여 발생하는 책임은 입찰자에게 있습니다.

조달청 전자입찰시스템 이용약관, 국가종합전자조달시스템 전자입찰특별유의서
(계약예규) 정부입찰ㆍ계약 집행기준, 용역계약 입찰유의서, 용역계약 일반조건

다. 과업 내용 착오 또는 규정의 미숙지 등으로 입찰자가 계약을 체결하지 않거나,
계약을 체결하고 불이행하는 경우 관계법령에 의거 부정당업자로 제재되어
일정기간 입찰 참여가 제한되는 등 불이익을 받으실 수 있으므로 본 입찰
공고서의 규격서 및 계약 관련 규정을 철저히 숙지하신 후 입찰에 참가하
여야 합니다.

라. 본 입찰은 전자입찰로서 입찰참가신청 및 입찰서의 제출은 조달청 나라장터의
전자입찰시스템을 이용하여 제출하며 별도의 입찰참가신청을 하지 않아도
됩니다.(국가종합전자조달 홈페이지(http://www.g2b.go.kr)
마. 입찰서 제출 확인은 나라장터 전자입찰시스템 웹 송신함에서 확인해야 합니다.
바. 입찰참가희망 업체가 전산장비 준비 부족 등의 사유로 전자입찰 등록 및 투찰이
어려운 경우에는 입찰 마감 24시간 이전에 조달청으로 장애 해결을 위해 문의
하기 바라며, 장애 발생 시에 정부조달콜센터로 문의하지 않아 발생한 모든
책임은 입찰참가자에게 있습니다(정부조달콜센터(1588-0800).
사. 입찰에 참가 하고자 하는 자는 반드시 입찰등록사항과 법인등기부등본(법인)
및 사업자등록증(개인)상 대표자(대표자가 다수인 경우 전부), 주소, 상호
등이 일치하는지 확인하고 입찰에 참여 하기 바랍니다.

위와 같이 공고합니다. 국립낙동강생물자원관 2026년 10월 20일 [별지 제1호 서식]

기술평가 신청서

공고번호 :
입찰건명 :
회 사 명 :
회사전화 : (

) - ( ) - ( ) FAX : ( ) - ( ) - ( ) - 담 당 자 : (인), H.P: - - .

첨부서류 : ① 용역실적사항 ② 견적서 ③ 증빙자료(실적증명서, 분석 계약서 등)

위와 같이 기술평가를 신청합니다.
신청일: 2026년

월 일

회 사 명 :
대 표 자 :

(인)

------------------------------------------------------------------------------------------

기술평가 결과
소
성

기술평가자
속 : 국립낙동강생물자원관
명 :
(인)

기술평가 의견
(구체적 기술)

최 종 판 정 : 합 격( ※ 이하 세부적인 자료는 별첨함 ), 불합격( ) [별지 제2호 서식]

보 유 장 비 목 록
연번

장비명 제조국 모델명 1 2 3 4

주) 1. 장비명은 전문장비 보유현황의 세부평가 항목상의 장비명으로 기재

소유대수 ===== 과업내용서.hwp ===== 과 업 내 용 서 과 업 명 남조류 독소 분해 단백질 분석 주관기관 국립낙동강생물자원관 2026. 10. Ⅰ 과업 개요 1. 과업명: 남조류 독소 분해 단백질 분석

2. 목적: 단백체 및 전사체 종합 분석을 통한 세균 유래 남조류 독소(마이크로시스틴) 분해 단백질 규명

3. 과업기간: 계약일로부터 2026년 11월 30일까지

4. 과업 내용: 미생물 단백체 28건 및 전사체 7건 분석

5. 추산 금액: ₩39,200,000원(부가세 포함)

6. 입찰 참가 및 낙찰자 선정 방법: 1) 입찰참가 조건 - 단독 및 공동수급* 입찰

* 최대 2개 업체 공동수급은 가능하나 하도급은 불가하며, 업체별 계약참여 최소 지분율은 30% 이상으로 하여야 함

과업지시서상의 분석 수량에 대한 목표 달성이 가능한 사업자

중소기업기본법 제2조에 따른 소기업 또는 소상공인보호 및 지원에 관한 법률 제2조에 따른 소상공인으로서 「중소기업 범위 및 확인에 관한 규정」에 따라 발급된 소기업, 소상공인 확인서를 소지한 자

국가종합전자조달시스템 입찰참가자격등록규정에 따라 반드시 전자입찰서 제출마감일 전일까지 학술연구용역(업종코드: 1169) 또는 유전자검사기관(업종코드: 5331)으로 입찰참가자격을 등록한 사업자

2) 입찰 및 낙찰자 결정 방법

본 입찰은 업종을 제한하는 경쟁 형태의 규격·가격 동시입찰로 기술평가* 기준에 부합하는 적격자에 한하여 가격입찰 최저가 낙찰

* 기술평가: 수행실적(단백체 분석 10건 이상, 전사체 분석 10건 이상 및 장비보유, 기술적격 평가표 참조)

7. 계약해지사유

1) 본 계약에 기술적격 평가 자료를 거짓 또는 허위로 제출한 경우

2) 본 계약의 과업기간을 발주처와 협의과정 없이 초과할 경우

Ⅱ 세부 과업 내용

I. 분석 목적: 단백체 및 전사체 종합 분석을 통한 세균 유래 남조류 독소(마이크로시스틴) 분해 단백질 규명

II. 세부내용:

세균에서 마이크로시스틴 분해에 관여하는 효소를 규명하기 위해 전사체 및 단백체 분석을 수행하고자 함.

해당 세균의 마이크로시스틴 분해 효소는 기존에 알려진 세균의 분해효소 및 경로와 상이할 가능성이 있으므로, 전사체와 전체 단백체의 종합 분석을 통해 분해 관련 후보 효소를 발굴하고자 함.

III. 분석 내용

반응시간별 대조군과 처리군(세균처리)의 전사체 및 단백체 발현량 증/감 차이 분석

단백질 저해제 처리 유무에 따른 전사체 및 단백체 발현 변화 비교 분석

단백체의 경우 세균의 세포(펠렛)와 상등액을 각각 분석하여 세포 내 단백질과 세포외 단백질의 검출 및 발현 양상을 비교할 것.

발주기관이 제공하는 분석 대상 세균의 자체 genome sequence 및 genome annotation을 분석의 primary reference로 활용

전사체·단백체 분석 및 genome annotation 정보를 활용한 남조류 독소 분해 후보 단백질 발굴

IV. 미생물 단백체 분석 1. 시료정보

1) 시료 타입: 미생물 세포(pellet) 및 배양 상등액

2) 시료 개수: 28점(세포 14점, 배양 상등액 14점, 총 28점)

조류독소에 세균과 단백질 저해제 처리 후 반응시간별 채집한 대조군과 처리군의 세균 세포 및 상등액

3) 시료 조건:

발주기관은 미생물 세포 및 배양 상등액 상태의 시료를 제공하며, 단백체 분석에 필요한 단백질 추출, 회수·농축 및 전처리는 수행기관에서 수행

시료는 분석 전까지 원칙적으로 −80℃에서 보관

시료는 반복적인 동결 및 해동이 발생하지 않도록 관리

배지, 염, 계면활성제, 핵산 및 기타 질량분석 방해물질의 혼입을 최소화해야 함

2. 단백질 추출 및 전처리 1) 단백질 정량 및 품질관리

시료별 총단백질 농도는 BCA assay, Bradford assay 또는 이에 준하는 검증된 방법으로 측정

단백질 농도, 회수량 및 품질관리 결과는 최종 보고서에 포함

2) 단백질 전처리 및 효소 처리

시료별 동일량의 단백질을 사용하여 분석을 수행한다.

- 단백질은 다음의 단계로 전처리 한다.

: 단백질 변성, 이황화결합 환원, cysteine 잔기의 알킬화, trypsin 또는 Lys-C/trypsin을 이용한 효소 소화, 펩타이드 desalting, 펩타이드 농도 측정 및 분석 농도 조정

단백질 소화 과정은 in-solution digestion, FASP, S-Trap 또는 SP3 방식 중 수행기관이 시료 특성에 적합하다고 판단한 방법을 사용할 수 있음

효소 소화 후에는 missed cleavage 비율, 펩타이드 수율 및 펩타이드 분포를 이용하여 소화 품질을 평가

3. 단백체 분석 1) 분석 장비

다음 조건을 충족하는 nanoLC 및 고분해능 tandem mass spectrometer를 사용

: Nano-flow liquid chromatography system, Orbitrap 계열 또는 동등 이상의 고분해능 질량분석기, electrospray ionization source, MS1 및 MS/MS 고분해능 측정 기능, DIA 또는 이에 준하는 비표지 정량 분석 기능

2) 분석 방식

분석 방식: Data independent acquisition (DIA) 기반 label-free quantitative proteomics

- 시료 수: 28점(반복수 포함) - 시료별 독립 분석 - 펩타이드 분리시간: 시료당 60분 이상

적절한 gradient 조건을 적용하여 펩타이드 분리도를 확보

시료 간 carryover가 최소화되도록 blank run 또는 세척 조건 적용

4. 데이터베이스 검색 및 단백질 동정

발주기관이 제공하는 분석 대상 균주의 genome sequence 및 annotation 정보를 기반으로 수행기관이 구축한 genome-derived protein database를 우선적으로 사용

UniProt reference proteome, NCBI RefSeq protein database 등 공개 데이터베이스를 활용하여 동정된 단백질의 기능 annotation 및 상동성 분석을 수행

발주기관이 제공한 자체 genome annotation의 gene ID 또는 locus tag와 단백체 분석 결과가 연계될 수 있도록 함

단백질 및 펩타이드 동정 결과는 적절한 통계적 신뢰도 평가를 수행하고, false discovery rate (FDR) 1% 이하를 기준으로 필터링할 것, FDR 산출은 target-decoy 검색 전략 또는 이에 준하는 검증된 방법을 통해 수행할 것

5. 정량 및 통계분석 1) 단백질 정량

: 시료별 단백질 abundance matrix 작성, 분석 전 log transformation 여부 검토, 시료 간 정규화 수행, 결측치 비율 산출, 결측치 처리 방법 및 선택 근거를 보고서에 명시

단백질 정량 결과에는 최소한 다음 항목을 포함

: Protein accession 또는 Protein ID, Protein name, Gene name(Gene ID) 또는 locus tag, Organism, Protein description, Peptide 수, Unique peptide 수, Sequence coverage, 시료별 정량값, 평균 정량값, 결측치 정보, 검색 신뢰도 관련 지표

2) 기초 통계분석

: 시료별 동정 단백질 수, 시료별 동정 펩타이드 수, 단백질 정량값의 분포, 시료 간 상관관계 분석, Pearson 또는 Spearman correlation matrix, 주성분분석, 계층적 군집분석, 시료 간 유사도 분석, 실험군별 단백질 발현 패턴 비교, 시료 또는 군별 coefficient of variation 분석

3) 차등 발현 단백질 분석

발주기관이 제공한 군 배정 및 비교 조건에 따라 차등 발현 단백질을 분석하며 기본 선별 기준은 다음과 같이 설정할 수 있다.

: Fold change ≥ 1.5 또는 ≤ 0.67, p-value < 0.05, 다중검정 보정값 제공, Benjamini-Hochberg 방법에 의한 adjusted p-value 또는 FDR 산출

최종 차등 발현 단백질의 선별 기준은 시료 수, 군 구성 및 데이터 분포를 고려하여 발주기관과 협의할 수 있다.

- 비교군별로 다음 결과를 제공한다.

: 차등 발현 단백질 목록, Fold change, log2 fold change, p-value, adjusted p-value, 평균 정량값, 군별 검출 빈도, up-regulated protein 수, down-regulated protein 수, volcano plot, heatmap, box plot 또는 intensity plot

4) 시계열 발현 분석

시간별 단백질 정량값을 기반으로 시간 경과에 따른 단백질 abundance 변화 패턴을 분석할 것.

시간에 따라 유사한 발현 변화 양상을 나타내는 단백질을 군집화하고, 주요 발현 패턴을 제시할 것.

조류독소 처리군과 대조군 및 단백질 저해제 처리에 따른 시간별 발현 변화 양상을 비교할 것.

주요 시계열 발현 패턴에 포함된 단백질 목록과 정량값을 제공할 것.

6. 기능 및 생물정보학적 분석

1) Gene Ontology 분석: Biological Process, Molecular Function, Cellular Component, GO term enrichment analysis, 유의한 GO term의 통계값 및 관련 단백질 목록 제공

2) KEGG pathway 분석: KEGG pathway annotation, KEGG pathway enrichment analysis, 주요 대사경로 및 신호경로 도출, 경로별 관련 단백질 목록 제공, enrichment p-value 및 adjusted p-value 제공

3) 단백질 기능 분류: COG 또는 eggNOG functional classification, KEGG Orthology 분석, enzyme commission number annotation, InterPro 또는 Pfam domain annotation, subcellular localization prediction, signal peptide prediction, transmembrane protein prediction

4) hypothetical protein, uncharacterized protein 등 기능이 명확하지 않은 단백질에 대해서도 가능한 범위에서 domain 및 기능 annotation을 수행

5) 군집 및 네트워크 분석: 발현 패턴 기반 단백질 군집분석을 수행하고, 분석 대상 미생물에 적용 가능한 네트워크 정보가 확보되는 경우 STRING 등을 활용한 protein-protein interaction network 분석, hub protein 후보 및 주요 기능 module 분석을 수행

6) 미생물 종에 대한 네트워크 데이터베이스 정보가 부족한 경우, 수행 가능한 범위와 제한사항을 보고서에 명시

V. 전사체 분석 (RNA-seq) 1. 시료정보 1) 시료 타입: 미생물 세포(pellet) 2) 시료 개수: 7점

조류독소에 세균과 단백질 저해제 처리 후 반응시간별 채집한 대조군과 처리군의 세균 세포

3) 시료 조건:

발주기관은 미생물 세포 상태의 시료를 제공하며, 전사체 분석에 필요한 total RNA 추출 및 전처리는 수행기관에서 수행

시료는 분석 전까지 원칙적으로 −80℃에서 보관

시료는 반복적인 동결 및 해동이 발생하지 않도록 관리

RNA 분해를 최소화할 수 있도록 RNase-free 조건에서 시료를 취급할 것

2. RNA 추출 및 mRNA 서열 생산 1) RNA 추출 및 품질 평가

샘플 7개 시료로부터 total RNA를 추출; RNA 추출은 RNA 분해 효소(RNase)를 차단한 RNase-free 환경에서 수행할 것; 일부 세균의 경우 함유할 수 있는 다당류 및 페놀성 불순물은 RNA 품질 저하 요인이므로, CTAB 기반 추출법 또는 세균 RNA 추출에 특화된 상용 키트를 사용하며, 필요한 경우 추가적인 세포 파쇄 및 전처리를 포함해야 함

분석 대상 균주의 높은 EPS(세포외 고분자 물질) 분비 특성을 고려하여, 키트 사용 전 점액질 물질을 효과적으로 제거하기 위한 추가 전처리(예: EPS 제거 전용 완충액 사용, 추가 원심분리 단계 등)를 수행하여 RNA 추출 효율을 극대화할 것.

RNA 품질은 다음 지표를 통해 평가함; RNA Integrity Number (RIN) ≥ 7 (Agilent Bioanalyzer 기준); A260/A280 비율 ≈ 2.0; 농도 100 ng/μL 이상 확보

고품질 RNA 확보는 전사체 시퀀싱의 정밀도와 신뢰도에 직접적 영향을 미치므로, RIN < 7의 시료는 분석에서 제외

채취한 샘플이 RNA 품질 점검에서 탈락할 경우, 이를 발주처에 보고하고 즉시 보완 샘플의 재 채취 및 보완 방안을 협의해야 함.

2) rRNA 제거 및 라이브러리 구축

Total RNA에서 rRNA를 제거하는 rRNA depletion 방식을 적용할 것

rRNA가 제거된 RNA를 이용하여 Illumina 기반의 strand-specific 라이브러리를 구축할 것.

라이브러리 품질은 Qubit, TapeStation, Bioanalyzer 등을 활용하여 정량 및 size distribution을 평가해야 함

3) 시퀀싱 조건 및 플랫폼

시퀀싱은 Illumina NovaSeq X 또는 Illumina NovaSeq 6000 동등 그 이상의 고속 플랫폼을 사용함; 시퀀싱 형식: Paired-end 150 bp (PE150); 시료당 최소 2.5 Gbp를 생산

각 시료별 발현량 비교 분석의 정밀도를 확보하고, 희귀 유전자 및 약발현 유전자의 검출률을 높이기 위한 방법 제시

시퀀싱은 외부 전문기관(유전체 분석 센터)과 협업 또는 자체 보유 장비를 활용하여 수행 가능함

4) 시퀀싱 품질관리(QC)

시퀀싱 결과물(raw reads)은 다음 QC 절차를 거쳐 분석에 적합한 데이터를 확보; FastQC 또는 이에 준하는 분석도구를 활용하여 품질지표 분석 (Phred score, base composition, duplication level 등)

Trimmomatic 또는 이에 준하는 분석도구를 이용한 adapter 제거 및 low-quality read 필터링

시퀀싱 결과에서 확인되는 overrepresented sequence 및 잔존 rRNA 유래 read 등 분석 방해 서열을 필요에 따라 필터링

품질 기준을 만족하지 못한 시료는 재시퀀싱 또는 시료 재처리를 통해 보완할 것

3. 전사체 데이터 분석 및 정량화

1) Read 전처리 및 참조유전체 정렬 (read alignment)

시퀀싱 결과로부터 얻어진 raw reads는 분석에 앞서 품질 필터링 및 전처리 과정을 진행할 것

FastQC, Trimmomatic 등을 활용하여 adapter 제거, low-quality base 제거, short read 필터링 수행

발주기관이 제공하는 genome annotation의 gene ID 또는 locus tag와 후속 전사체 분석 결과가 가능한 범위에서 연계될 수 있도록 할 것.

정제된 reads는 발주기관이 제공하는 분석 대상 균주의 genome sequence를 우선적으로 활용하여 정렬; 다만, 해당 genome sequence를 이용한 정렬이 분석에 적합하지 않은 경우 발주기관과 협의하여 가장 유사한 종의 NCBI reference genome 등 적절한 참조유전체를 사용할 수 있음; 정렬 도구는 Bowtie2 또는 BWA-MEM과 같은 비-스플라이싱(non-splicing) 정렬 도구 사용을 원칙으로 하며, HISAT2 사용 시에는 스플라이싱 옵션을 비활성화해야 함

alignment 품질은 mapping rate, uniquely mapped reads, mismatch rate 등을 기준으로 평가하여 보고할 것

기준 미달 시 alignment parameter 조정 등 원인을 검토하고, 참조유전체 변경이 필요한 경우 발주기관과 협의하여 적용할 것.

2) 유전자 발현량 정량화 (expression quantification)

정렬된 read 데이터를 바탕으로 발주기관이 제공하는 genome annotation을 우선적으로 활용하여 각 유전자 수준의 발현량을 정량화할 것

유전자 발현량 결과에 gene ID 또는 locus tag 등 활용 가능한 식별자를 포함하여 후속 단백체 분석 결과와 가능한 범위에서 연계할 수 있도록 할 것

FeatureCounts 또는 이에 준하는 read-counting 도구를 활용하여 gene 단위의 raw count를 산출

정량 단위는 TPM (Transcripts Per Million), raw count를 모두 확보.

Raw count 데이터는 차등발현 분석(DEG) 및 시계열 분석의 입력값으로 활용 할 수 있어야 함.

유전자 발현량 정량화는 후속 분석(STEM 등)의 기초 데이터를 제공

3) 반복 샘플간 재현성 확인

각 시료의 반복 샘플 간에 재현성을 확인하기 위하여 적절한 정규화 방법을 적용한 정량화된 유전자 발현값(normalized read counts)으로 heatmap과 MDS plot을 작성

4) 시계열 데이터 구조화 및 정규화

시점별로 확보된 count matrix를 기반으로 시계열 전사체 데이터 구조를 구축하고, 각 유전자별 발현량이 배열된 expression matrix 형태로 변환하여 보고

정규화(normalization)는 DESeq2, edgeR 등 biological replicate 기반의 차등발현 분석 도구를 활용

시계열 발현 분석 및 클러스터링에 필요한 경우 분석 목적에 적합한 scaling 또는 transformation을 적용하고, 적용 방법을 보고서에 명시할 것.

시계열 구조화를 통해 시간 흐름에 따른 유전자 발현 패턴의 추적 및 생물학적 해석이 가능할 것.

5) 분석 품질 검토 및 데이터 필터링 조건

low count 유전자는 데이터 특성 및 후속 분석 목적에 적합한 기준을 적용하여 필터링

Short Time-series Expression Miner (STEM) 분석의 정확도를 저하시킬 수 있는 유전자에 대한 필터링을 실시할 것.

분석 전 단계에서 전체 발현 데이터의 샘플 간 상관성(PCA, heatmap)을 확인하여 이상치 여부 및 데이터 품질을 검토하고, 이상치로 판단되는 시료의 제외 여부는 그 근거를 제시하여 발주기관과 협의할 것.

4. 차등발현 유전자 및 시계열 분석

1) 차등발현 유전자 분석 전략(DEG analysis)

전사체 정량 데이터를 기반으로 유의한 발현 차이를 보이는 차등발현 유전자(Differentially Expressed Genes; DEGs)를 제공해야 함.

분석에는 edgeR 등을 이용하여 통계적 기반의 전사체 분석 도구를 사용하여 시료간 비교 및 시계열 상의 비교를 수행함; 이분 비교(binary group DEG) 및 시계열 비교를 수행하며, 시계열 비교에는 LRT 등 실험설계에 적합한 통계적 방법을 적용할 것.

DEG 판정 기준은 다음과 같을 것; Log2 Fold Change ≥ 1 또는 ≤ -1; False Discovery Rate (FDR) 또는 Adjusted p-value < 0.05; 만약 DEG로 선별되는 유전자의 수가 수천 이상이 될 경우, 적절한 방법을 제시할 것.

2) 시계열 발현 클러스터링 분석(STEM 적용)

적절한 발현량 필터링을 거친 발현 유전자를 대상으로 STEM(Short Time-series Expression Miner) 알고리즘을 적용하여, 시간에 따른 유전자 발현 패턴을 정량적으로 군집화(cluster) 분석 진행

STEM 분석 절차는 다음과 같이 진행해야 함; 유전자별 발현 프로파일을 STEM 분석에 적합한 방식으로 발현값을 변환 또는 정규화; 사전 정의된 시계열 패턴 모델(예: 상승형, 하강형, 일시적 증가형 등)에 각 유전자를 할당; permutation test 기반으로 유의미한 클러스터(프로파일)를 통계적으로 검증

3) 유전자 기능 분석 (GO, KEGG)

선별된 DEG 및 STEM 분석에서 도출된 주요 클러스터에 포함된 유전자군을 대상으로 기능적 해석을 수행해야 함; 분석 도구 - clusterProfiler (R), DAVID, Blast2GO(Omicsbox), g:Profiler 등

기능 분석은 전체 유전자를 대상으로 Gene Ontology (GO) 정보 및 KEGG Pathway 분석과, COG (Clusters of Orthologous Groups) 또는 eggNOG 데이터베이스 기반의 기능 분류 분석을 포함할 것

4) 결과 해석 및 후보 유전자 그룹 도출

전체 발현 유전자에 대하여 사용된 genome annotation을 기준으로 기능 정보를 연계하고, 필요한 경우 NCBI 등 공개 데이터베이스를 활용하여 기능 annotation을 보완할 것.

STEM 클러스터 중, 마이크로시스틴 분해와 연관된 후보 유전자군을 도출

VI. 전사체–단백체 분석 결과 연계 및 통합 조회

1) 전사체 분석 결과 mapping

발주처에서 제공하는 자체 genome annotation 정보가 있는 경우 해당 gene ID 또는 locus tag를 기준으로 분석 결과를 연동할 것.

구축된 결과는 별도의 browser 형태로 제공하거나, 발주처에서 기 구축한 genome browser와 연동하여 업로드할 것.

사용자 인터페이스 기능을 탑재하여 개별 유전자(gene ID, locus tag, gene name 등)의 조회가 가능하도록 할 것.

개별 유전자 조회 시 연계 가능한 범위에서 해당 유전자의 위치, annotation 정보 및 전사체 발현량 등을 확인할 수 있도록 할 것.

2) 전사체–단백체 분석 결과 연동

전사체 및 단백체 분석 결과는 발주기관이 제공하는 genome annotation의 gene ID 또는 locus tag를 기준으로 우선적으로 연계하되, 참조유전체 또는 annotation의 차이로 직접적인 연계가 어려운 경우 상동성 분석 등 적절한 방법을 통해 가능한 범위에서 대응관계를 구축할 것.

전사체 및 단백체 분석 결과 간 동일 유전자 또는 단백질에 대한 매칭이 가능한 경우 gene ID, locus tag, protein ID 등의 식별자를 연계할 것.

개별 유전자 조회 시 연계 가능한 경우 해당 유전자의 transcriptome 발현량과 proteome abundance를 함께 확인할 수 있도록 할 것.

전사체 및 단백체 분석 결과의 조건별 변화량(fold change 등)과 통계적 유의성 정보를 연계하여 조회할 수 있도록 할 것.

transcriptome에서 검출된 유전자와 proteome에서 검출된 단백질 간 대응관계를 확인할 수 있는 통합 결과표를 제공할 것; 통합 결과표에는 분석 결과에서 확보 가능한 범위에서 gene ID 또는 locus tag, transcriptome 발현량, proteome abundance, 조건별 fold change, 통계적 유의성 및 주요 기능 annotation 정보를 포함할 것.

전사체 또는 단백체에서만 검출된 항목을 구분하여 확인할 수 있도록 할 것.

VII. 분석 결과 정리 및 산출물 작성 1) 최종 산출물의 구성

본 연구의 결과물은 문서형 보고서와 분석 데이터 기반의 디지털 자료로 구성되며, 다음과 같은 항목을 포함해야 함.

문서형 보고서

최종보고서 PDF 파일 제출
보고서에는 실험 방법, 분석 과정, 분석에 사용된 모든 소프트웨어(버전 포함) 및 파라미터, 주요 결과, 해석 및 결론이 포함됨.

분석 데이터 - 질량분석기 제조사 형식의 원시데이터

RAW, .d, WIFF 또는 이에 준하는 원본 파일

peptide identification 결과 및 protein identification 결과

PCA plot, hierarchical clustering, heatmap, volcano plot, 차등 발현 (DEP) 단백질 목록, fold change 및 통계값

GO annotation 및 enrichment 결과

KEGG annotation 및 enrichment 결과

네트워크 분석 결과 및 기능분석 전체 통계표

RNA-seq 원시 데이터 (FASTQ 형식)

전사체 생산 서열의 정렬 파일 (BAM, index 포함), 발현량 행렬 (TPM, count matrix 등)

DEG 분석 결과 (유전자 목록, 통계값 포함된 Excel 형식)

STEM 클러스터별 유전자 리스트 및 발현 프로파일

GO, KEGG 및 COG/eggNOG annotation·enrichment 분석 결과 및 관련 통계표

2) 제출 형식 및 기술적 요건

문서 파일은 한글(hwp) 또는 MS Word(docx) 형식으로 작성하며, PDF 변환본을 함께 제출할 것

데이터 파일은 분석 결과에 적합한 표준 형식으로 제출

결과 파일은 폴더 구조 및 명명 규칙에 따라 정리하여 압축 후 전자파일로 제출

3) 보고서 및 산출물 제출 일정

보고서는 국립낙동강생물자원관이 지정한 일정(2026년 11월 30일)에 따라 제출함.

모든 보고서와 데이터는 국립낙동강생물자원관이 지정한 방식에 따라 문서형 인쇄본 1부 + 전자파일(USB, 이메일 등)로 제출함.

분석 데이터 및 성과물은 발주기관의 요청 시 국립낙동강생물자원관이 운영하는 아카이브 시스템 등록에 적합한 형식으로 변환하여 제공할 수 있음.

VIII. 보안 준수

1) 계약 후 과업수행 과정에서 발생되는 모든 연구적 데이터는 외부 비공개를 원칙으로 함.

2) 발주처와 협의 없이 과업수행 과정에서 발생되는 정보 등을 외부에 제공하지 않을 것.

===== 기술적격 평가기준표.hwp =====
기술적격 평가표

구 분 세부 평가 항목 평 가 비고 적 부 1. 수행능력 1-1. 단백체 분석 가능 여부① 1-2. 전사체 분석 가능 여부①

1-3. 생물정보학/전산생물학 등 관련 분야 전문 인력 보유 여부②

2. 전문장비 보유현황③

2-1. Nano-flow liquid chromatography system, Orbitrap 계열 또는 동등 이상의 고분해능 질량분석기

2-2. Illumina NovaSeq X 또는 Illumina NovaSeq 6000 동등 그 이상의 시퀀싱 장비

최 종④

적 □
부 □

① 분석 계약서(의뢰서) 등 수행능력을 증빙할 수 있는 서류

② 관련 분야 경력증명서, 이력서 등 경력을 증빙할 수 있는 서류(예: 재직증명서 등)

③ [별지 제1호] 분석 장비 보유현황 및 장비명, 모델명, 보유수량 등을 확인할 수 있는 장비 목록 또는 이에 준하는 증빙자료

④ 모든 항목 적합한 업체를 최종 ‘적’으로 평가

[별지 제1호] 보 유 장 비 목 록 연번 장비명 제조국 모델명 소유대수 1 2 3 4

주) 1. 장비명은 전문장비 보유현황의 세부평가 항목상의 장비명으로 기재

[R26BK01780950] 남조류 독소 분해 단백질 분석

상세 정보

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